L'Alliance shinobi

L'Alliance shinobi créée par les Cinq grands pays et les Samouraïs du Pays du Fer consiste en cinq divisions principales, avec Gaara du désert comme Commandant général de l'armée. La Première Division est formée par des combattants à moyenne distance et est dirigée par Darui. La Deuxième Division consiste en des combattants à proche distance: son général est Kitsuchi. La Troisième Division, sous la direction de Kakashi Hatake, est composée de combattants à proche et moyenne distance. La Quatrième Division ne contient que 
des combattants à longue distance sous le commandement de Gaara, avec Shikamaru Nara comme bras droit à la tête de cette division. Enfin, la Cinquième Division a été créée pour les opérations spéciales: ses membres possèdent des aptitudes particulières et uniques. Mifune commande cette division des forces spéciales. Il existe également quatre compagnies spéciales formées pour cette guerre : l'Unité d'embuscade avec comme capitaine Kankurô, ayant pour tâche de tendre des embuscades aux forces ennemies. L'Unité d'assistance médicale dont le capitaine est Shizune, reposant sur des médecins ninjas. La troisième est l'Unité des traqueurs avec Ao pour capitaine, et enfin l'Unité de collecte d'informations menée par Inoichi Yamanaka, destinée à rassembler des informations et à les relayer à Gaara pour établir des stratégies.

Nom	Poste	Origine
A	Chef Suprême de l'Alliance shinobi	Kumo
Gaara	Commandant général de l'armée de l'Alliance shinobi Général de la Quatrième Division	Suna
Darui	Général de la Première Division	Kumo
Kitsuchi	Général de la Deuxième Division	Iwa
Kakashi Hatake	Général de la Troisième Division	Konoha
Shikamaru Nara	Général adjoint de la Quatrième Division	Konoha
Mifune	Général de la Cinquième Division	Pays du Fer
Shizune	Capitaine de l'Unité d'assistance médicale	Konoha
Kankurô	Capitaine de l'Unité d'embuscade	Suna
Ao	Capitaine de l'Unité des traqueurs	Kiri
Inoichi Yamanaka	Capitaine de l'Unité de collecte d'informations	Konoha

Akatsuki

Akatsuki, dirigée par Tobi, a complètement changé de visage à l'aube de la guerre. Le commandant second estKabuto Yakushi, opérant à partir d'une base du nord. Parmi les membres vivants : Tobi, Kabuto, Sasuke Uchiwa et Zetsu. Cependant, Zetsu dispose de 100 000 clones prêts au combat, créés à l'aide du pouvoir de Hashirama Senju. Kabuto a également ressuscité par l'Edô Tensei un bon nombre de ninjas de renom, tel que Nagato, Deidara, Itachi,Sasori, etc.